Sono passati ormai 5 anni dalla morte in guerra di Mamoru Yuuki, e il piccolo Manabu è ormai diventato un ragazzo di 20 anni. All'insaputa della madre Kanna, Manabu ha fatto domanda per entrare nella Space Defense Force, e questa sua decisione viene presa molto male dalla donna, che ha già perduto in combattimento il marito Wataru e l'altro figlio Mamoru. Dopo un triste addio, e con un pass che gli consente un utilizzo illimitato delle linee delle Ferrovie Galattiche, il ragazzo sale con entusiasmo sul Galaxy Express 550, alla volta del pianeta Destiny, dove troverà la divisione a cui è stato assegnato. La prima sosta sarà nella stazione Hope & Despair, per giungere alla quale il treno dovrà effettuare un passaggio attraverso una distorsione temporale.

Manabu viaggia nello stesso scompartimento di una ragazza, Louis Fort Drake, che farà anche parte del suo stesso reparto di reclutamento. I due cercano di fare amicizia, ma Louis è una ragazza molto seria, mentre Manabu è piuttosto rude. A distendere gli animi ci pensa un controllore meccanizzato, che annuncia l'imminente ingresso nella distorsione temporale. Manabu può così avere modo di ricordare i tempi passati in famiglia, ma qualcosa sta per accadere: la misteriosa Reira Destiny, che dalla sua base osserva tutte le rotte delle Ferrovie Galattiche, versa una nuova lacrima, e il treno deraglia, dirigendosi proprio all'interno del varco temporale. Dalla sede centrale della SDF viene subito captato l'allarme, e viene mobilitato il Plotone Syrius, capitanato da Schwanhelt Bulge, il nuovo comandante del Big One. Nel frattempo i due passeggeri del 550 e il suo controllore sono precipitati sul pianeta Misfortune, e vengono rianimati da un giovane combattente della SDF. Manabu non crede ai propri occhi quando riconosce nel ragazzo il fratello Mamoru.

Mamoru dice di essere un soldato della Space Panzer Grenada, un corpo scelto della SDF di stanza sul pianeta Misfortune e, dopo aver fatto attivare il meccanismo di occultamento del 550, mette in salvo i malcapitati da un massiccio attacco di carri armati di tipo Vulture, appartenenti ad una banda di pirati spaziali. Manabu confessa a Louis e al controllore che quell'uomo è il fratello, e che sarebbe morto di lì a poco, e il controllore gli fa notare che, secondo la regola 332 del manuale delle Ferrovie Galattiche, non è possibile interferire in avvenimenti che non appartengono al proprio continuum temporale. Allo stesso tempo, il controllore dice che, inviando un segnale attraverso il varco spazio-temporale, la SDF avrebbe mandato loro delle unità di soccorso. Manabu invece confida tutto al fratello, che però, pur ringraziandolo, intende osservare i regolamenti, senza sottrarsi al suo destino. Il giorno successivo, Mamoru conduce i tre passeggeri nel luogo dell'incontro con il Plotone Syrius, ma subisce un'imboscata. In realtà Mamoru era un'esca per attirare i pirati spaziali, e al suo ordine la Space Panzer Grenada stermina i banditi, mentre il Big One aggancia il 550, portandolo in salvo. Mamoru, in un ideale passaggio di consegne, affida a Manabu la pistola che fu del padre Wataru, e viene freddato alle spalle da uno dei pirati spaziali.

Il 550 giunge infine sul pianeta Destiny, e tutte le nuove truppe fanno la conoscenza del loro comandante supremo, Reira Destiny. La misteriosa donna osserva Manabu, e gli comunica telepaticamente che lo stava attendendo da lungo tempo.

GS

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