Il Galaxy Express 707 è uno dei gioielli delle Galaxy Railways (Ferrovie Galattiche), e sta viaggiando ad altissima velocità nell'universo, senza temere gli asteroidi vaganti che possono appena scalfire la sua barriera energetica. Una tempesta di asteroidi causata dalla comparsa di un Buco Bianco, però, provoca gravi danni al treno, obbligando così la forza di difesa spaziale, la SDF, a mandare in suo soccorso il Galaxy Express 001, soprannominato "Big One", guidato dal capitano Wataru Yuuki. Il Big One è uno dei treni armati speciali, che hanno lo scopo di proteggere i treni passeggeri. Mentre vengono prestate le prime cure ai feriti, sullo 001 vengono scoperti due giovani clandestini, Manabu e Mamoru, i figli del capitano. I due ragazzi, che amano profondamente il padre, vogliono seguirlo per rendersi utili, ma la situazione diventa subito insostenibile, poiché dal Buco Bianco sta uscendo una misteriosa corazzata spaziale rossa. Il piccolo Manabu vede il flash di un raggio laser, e in quell'istante ricorda gli ultimi avvenimenti della sua vita.

Intrufolatosi nella Stazione Centrale per assistere in prima persona al ritorno a casa del padre, aveva rischiato di essere investito dal treno stesso, subendo il giusto rimprovero del genitore. I due erano poi tornati da Mamoru e dalla madre Kanna, in vista di un prolungato periodo di riposo di Wataru. L'emergenza al 707 aveva però richiamato il capitano, e i ragazzi, stavolta insieme, avevano deciso di seguirlo, rischiando di essere uccisi dai guardiani meccanizzati della Stazione Centrale, che avevano l'ordine di impedire a qualsiasi clandestino di penetrare nell'edificio.

Manabu torna ad essere conscio del presente, e la situazione gli appare subito grave, perché il padre è ferito alla testa, e le armi pesanti del treno, dotato di torrette con cannoni ad energia, missili antiaerei e persino dei caccia di supporto, alloggiati in alcuni vagoni, sono del tutto insufficienti contro la corazzata spaziale. Ad assistere tristemente a tutto ciò, da lontano, c'è anche la misteriosa e splendida Reira Destiny, il comandante della SDF. Wataru si rende conto che per i passeggeri del 707 e per il suo equipaggio non ci sono speranze, e decide di lanciarsi contro il nemico, mandando la locomotiva alla massima potenza, e salvando i figli e tutti gli altri. Ad accompagnarlo nell'impresa c'è lo spirito della stessa Reira.

Dopo 4 anni, Mamoru si arruola nella SDF, e parte imbarcandosi sul Galaxy Express 999, tornato in scena nella solita veste antica. Manabu corre a salutarlo, e dai finestrini si vedono due sagome molto conosciute, il colbacco di Maetel e il cappello a tesa larga di Tetsurou Hoshino. Mamoru saluta il fratellino e parte fiducioso verso il Futuro, ma un anno dopo arriva a casa Yuuki una notizia drammatica: Mamoru è morto in circostanze misteriose, e Manabu si propone da subito di scoprire cosa è successo, seguendo le orme del padre e del fratello.

GS

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