IL FINALE 

Kodai non crede a quanto ha visto, ma se la Terra non è stata distrutta significa che la bomba all'Iperion non poteva esplodere, quindi decide di tornare sulla vera Terra e distruggere la flotta d'invasione. Gli uomini della Yamato tornano a bordo, ma Sasha rimane sul pianeta: sua madre Starsha le appare in visione e la avverte che il suo destino è di morire là per la Terra.

Sulla Terra intanto l'ufficiale della Nebulosa Nera che aveva catturato Yuki, Alfons, si prende cura di lei e cerca di convincerla della morte di Kodai, e ad accettare il suo amore. Yuki sembra cedere, ma Alfons capisce che lei intende fingere per ottenere il segreto per disattivare la bomba all'Iperion, e la sfida a catturarlo in battaglia. Solo in quel caso, le rivelerà come disattivare la bomba.

Sulla strada del ritorno la Yamato è attaccata dalla flotta nera, e il suo destino sembra compiersi, ma Sanada e Tokugawa capiscono che si è trattato di un inganno: le opere d'arte erano fasulle, e Sada non è umana. La Yamato distrugge la flotta nera con il cannone ad onde moventi, ma l'energia reagisce con quella aliena, e l'intera Terra fasulla viene distrutta. Sasha viene data per morta, e dal fuoco emerge lo scheletro nero di un pianeta meccanico. E' il pianeta madre dell'Impero della Nebulosa Nera: Dezarium. Scaldart si toglie la maschera, nemmeno lui è umano.

Sulla Terra Yuki guida un assalto alla bomba all'Iperion, e nel combattimento Alfons è colpito a morte. Yuki corre a sorreggerlo e si accorge che Alfons e tutto il suo popolo sono dei cyborg, esseri in gran parte meccanici che sono giunti sulla Terra per la necessità di una razza giovane come quella terrestre. Alfons mantiene la promessa e svela a Yuki come disattivare il meccanismo primario di innesco della bomba all'Iperion, mentre il secondario, sul pianeta madre, deve essere distrutto, poi muore tra le sue braccia.

Sasha era sopravvissuta e contatta la Yamato, dicendo di distruggere Dezarium colpendo il nucleo energetico attraverso uno dei condotti che avrebbe aperto. Scaldart interrompe il messaggio e minaccia di far detonare la bomba all'Iperion sulla Terra, ma Yuki lo interrompe a suo volta dicendo di aver bloccato l'innesco primario. Scaldart intende attivare la procedura di innesco secondario, e alla Yamato non rimane che distruggere Dezarium penetrando attraverso il condotto aperto da Sasha. 

La città centrale del nemico sembra un gigantesco agglomerato sferico di cristalli. Interi edifici si staccano dal corpo principale e si rivelano essere missili. Un missile colpisce la Yamato, e Yamanami viene ucciso. Kodai prepara il cannone ad onde moventi, ma al momento di sparare si rende conto che avrebbe ucciso anche Sasha, ed esita. Sasha lo contatta e insiste perché spari prima che Scaldart attivi il meccanismo secondario, dicendo che questo è il suo destino. Alle sue spalle compare l'imperatore, che colpisce a morte la ragazza, la quale restituisce il colpo. Scaldart, morente, si avvicina al meccanismo di innesco, e Kodai furente attiva il cannone ad onde moventi.

L'esplosione dovuta alla reazione tra le due energie è ancora maggiore, e la Yamato si allontana con numerosi warp, mentre l'energia liberata produce una reazione a catena che sconvolge l'equilibrio tra le due parti della doppia galassia. I due dischi collidono e formano una nuova galassia. La Yamato prosegue il suo viaggio e torna sulla Terra, dove Yuki e Kodai si incontrano di nuovo.

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